念珠菌感染的处理需要根据感染部位等情况来定。如果是皮肤念珠菌感染，可外用抗真菌药物，像克霉唑乳膏等有一定效果。
皮肤念珠菌感染的处理
外用抗真菌药膏： 克霉唑乳膏能抑制念珠菌的生长繁殖，涂抹在感染部位，每天可涂抹2 - 3次。硝酸咪康唑乳膏： 对皮肤念珠菌有抑制作用，直接涂于患处，一日2 - 3次。
口腔念珠菌感染的处理
局部用药： 制霉菌素片可以用于口腔念珠菌感染，将制霉菌素片研成粉末后涂于口腔患处，一般一天需要涂抹3 - 4次。碳酸氢钠溶液漱口： 用2% - 4%的碳酸氢钠溶液漱口，能够改变口腔的酸碱度，抑制念珠菌生长，每天可以漱口3 - 5次。
阴道念珠菌感染的处理
外用栓剂： 克霉唑栓是常用药物，每晚将栓剂放入阴道内，一般连用7天为一个疗程。硝酸咪康唑栓： 同样是治疗阴道念珠菌感染的药物，每晚1粒，连续使用7天，或者每晚1粒连用3天。
全身性念珠菌感染的处理
静脉用药： 对于严重的全身性念珠菌感染，可能需要使用氟康唑等静脉用抗真菌药物。不过全身性感染情况较为复杂，需要医生根据患者的具体病情，如是否有基础疾病等，来制定个体化的治疗方案，一般静脉用药疗程可能较长，可能需要数周时间。同时，患者在治疗过程中需要密切监测肝肾功能等指标，因为抗真菌药物可能对肝肾功能有一定影响。