无痛胃镜检查一般来说副作用发生率较低，但也可能存在一些情况。总体而言，无痛胃镜检查相对安全，严重副作用发生概率通常低于1%。
麻醉相关副作用
药物过敏风险：少数人可能对无痛胃镜使用的麻醉药物过敏，轻者可能出现皮疹、瘙痒等，严重的可能引发过敏性休克，但这种情况发生概率极低，约为万分之一左右。呼吸抑制风险：在麻醉过程中，极少数人可能出现呼吸频率减慢或幅度降低的情况，不过专业医生会密切监测并及时处理，一般能很快恢复。
检查后可能出现的不适
咽部不适：检查后部分人会感觉咽部有轻微疼痛或异物感，通常1~2天内会自行缓解，这是因为检查时胃镜经过咽部引起的轻微损伤。头晕乏力：由于麻醉药物的残留影响，检查后短时间内可能会有头晕、乏力的感觉，一般休息2~4小时后可逐渐消失。
特殊人群需注意的情况
心血管疾病患者：患有严重心脏病、高血压未控制好的人群做无痛胃镜时风险相对高一些。比如严重心律失常患者，麻醉药物可能会加重心脏负担，需要医生在检查前充分评估，调整好患者的身体状况后再进行操作。老年人：老年人各器官功能相对减退，对麻醉药物的代谢和耐受能力可能较差，检查后出现不适症状的时间可能会稍长一些，但只要做好围检查期的监护，一般也能安全度过。