孕酮太低可能由多种原因造成。女性体内孕酮主要由卵巢黄体分泌，若黄体功能不全，就会导致孕酮分泌不足，据统计，约有30%的孕酮低是因黄体功能不全引起。
内分泌系统因素
垂体功能异常： 垂体分泌的促性腺激素不足等情况，会影响卵巢功能，进而影响孕酮的合成。比如垂体泌乳素瘤患者，可能出现孕酮水平降低的情况。甲状腺功能紊乱： 甲状腺功能减退时，会影响下丘脑 - 垂体 - 卵巢轴的功能，从而导致孕酮分泌异常。研究发现，约10% - 15%的甲状腺功能异常患者会伴随孕酮低的现象。
卵巢本身问题
卵巢储备功能下降： 随着年龄增长，女性卵巢储备功能逐渐下降，卵泡发育不良等情况增多，会使孕酮分泌减少。35岁以上女性卵巢储备功能开始下降，孕酮低的发生率相对升高。卵巢疾病： 像卵巢囊肿、卵巢肿瘤等疾病，会影响卵巢的正常功能，导致孕酮合成障碍。例如卵巢巧克力囊肿患者，常常存在孕酮水平偏低的情况。
其他因素影响
生活方式不良： 长期熬夜、过度劳累等不良生活方式，会影响内分泌系统的正常功能，进而影响孕酮分泌。有调查显示，长期熬夜人群中孕酮低的发生率比作息规律人群高约20%。药物影响： 某些药物也可能导致孕酮水平降低。比如长期使用糖皮质激素等药物，可能会干扰体内激素的平衡，影响孕酮的分泌。