肛瘘合并肛裂的治疗需依据具体情况选择合适方式，并无绝对的最好治疗方式。具体如下：
一、肛瘘的治疗：
1.手术治疗为主，常见术式有挂线疗法、肛瘘切开术、肛瘘切除术等。
挂线疗法：通过挂线的慢性勒割作用缓慢切开瘘管。
肛瘘切开术：直接将瘘管切开敞开。
肛瘘切除术：将瘘管及其周围组织一并切除。
2.术后处理：
做好切口周围清洁卫生。
温水坐浴及冲洗。
静脉滴注抗生素预防感染，如注射用头孢唑林钠、盐酸左氧氟沙星注射液、盐酸克林霉素注射液等。
二、肛裂的治疗：
1.对于病程较短、病情较轻的新发肛裂患者：
可在医生指导下口服缓泻剂，如麻仁丸、蓖麻油、肠舒胶囊、乳果糖口服溶液等。
调整饮食结构，禁食辛辣刺激性食物，以软质易消化及富含纤维的食物为主，多吃新鲜蔬菜水果，多喝水。
2.症状稍重的肛裂患者：
除调整饮食结构和口服缓泻剂外，可考虑高锰酸钾溶液温水坐浴或复方荆芥熏洗剂熏蒸。
使用硝酸甘油软膏、痔疮膏外涂。
3.病情症状较重的患者需手术治疗，术式包括肛裂切除术、内括约肌切断术、皮瓣移植术等。
总之，肛瘘合并肛裂的治疗需综合考虑病情严重程度等因素，选择适宜的方法，以达到良好的治疗效果。同时，患者在治疗过程中应积极配合医生，并注意生活中的相关护理。