飞秒激光手术后遗症主要有以下两点：
一、角膜炎。飞秒激光手术一般是指飞秒激光治疗近视手术，术后如果护理不佳，就可能引发角膜炎，其主要表现为眼睛红肿、疼痛、有脓性分泌物渗出且有摩擦感等。此时需要尽快前往医院，根据实际情况遵医嘱使用抗炎药物，比如红霉素眼膏或左氧氟沙星滴眼液等。
二、视力减退。若手术操作有误，出现过矫或欠矫的情况，不仅无法治好近视，还可能导致视力减退，这也需要及时到医院，依据具体状况再次进行手术修复。
总之，飞秒激光手术后可能出现一些后遗症，需要密切关注眼部状况，出现异常及时就医处理。