乙肝小三阳部分患者可以实现转阴，但总体比例不是很高。一般来说，乙肝小三阳患者自然转阴率较低，每年约有1%-3%的自发血清学转换率（即表面抗原转阴）。
治疗方式影响转阴情况
抗病毒治疗：
干扰素治疗： 普通干扰素治疗乙肝小三阳，HBeAg（乙肝e抗原）血清学转换率，每年约在20%-30%左右；聚乙二醇干扰素效果相对更好一些，HBeAg血清学转换率可能能达到30%-40%左右。不过干扰素治疗有一定的禁忌证，比如患有严重心脏疾病、自身免疫性疾病等患者不适合使用。核苷酸类似物治疗： 像恩替卡韦、替诺福韦等药物，长期服用可以抑制乙肝病毒复制，但是表面抗原转阴率比较低，一般每年不足1%，需要长期用药。
自身免疫状态作用
免疫清除期：
当人体免疫系统处于活跃的免疫清除期时，部分乙肝小三阳患者有可能出现自然转阴。比如一些年轻患者，自身免疫力较强，在感染乙肝病毒后，免疫系统能较好地识别并攻击乙肝病毒，有一定几率实现表面抗原转阴。但这种情况发生的概率相对较低。
免疫耐受期：
如果处于免疫耐受期，此时免疫系统对乙肝病毒“视而不见”，病毒与机体和平共处，这时候乙肝小三阳患者很难实现转阴，需要定期监测，一旦进入免疫清除期再考虑是否需要治疗。
生活方式的影响
合理作息：
保持规律作息很重要，每天保证7-8小时的睡眠时间。长期熬夜会影响免疫系统功能，不利于乙肝小三阳患者病情的转归，甚至可能导致病情加重，影响转阴的可能性。
健康饮食：
饮食上要注意均衡营养，多吃富含维生素和蛋白质的食物，如新鲜蔬菜、水果、牛奶、鸡蛋等。避免吃辛辣、油腻、刺激性食物，这些食物会加重肝脏负担，不利于病情恢复。例如长期高油高脂饮食可能会导致脂肪肝，与乙肝小三阳叠加，更不利于转阴。