阴茎上长小水疱的常见原因包括包皮龟头炎和生殖器疱疹。出现这种情况应及时就医，明确病因后采取正确治疗措施。
一、包皮龟头炎：
1.阴茎包皮或龟头发生感染，若受到厌氧菌或真菌感染，其会侵害包皮或龟头部位，导致阴茎上出现水疱，同时伴有红肿及有臭味的炎性分泌物。
2.治疗上，通常使用抗厌氧菌药物如甲硝唑，或抗真菌药物如克霉唑。若病情反复发作且因包皮过长引起，可采用包皮环切术切除。平时要注意保持局部清洁，避免刺激，治疗期间避免同房。
二、生殖器疱疹：
1.阴茎疱疹是阴茎头、包皮及阴茎背侧皮肤的急性、局限性疱疹，由单纯疱疹病毒感染导致。病变在表皮或黏膜浅层，可引起细胞坏死、肿胀。感染时阴茎有局部不适，开始为瘙痒，后有烧灼感，同时出现红色小丘疹，之后迅速变为疱疹，呈片状分布，疱疹内含物开始为清亮液体，逐渐变为脓性。尿道及膀胱黏膜偶尔也会被感染，从而发生排尿痛甚至尿潴留。阴茎疱疹愈合后，病毒仍可隐匿于深层组织或前列腺液中，患者可无症状但能感染女方，病毒甚至存在于局部感觉神经细胞中造成复发性感染。
2.治疗以抗病毒为主，常用抗病毒药物包括阿昔洛韦、泛昔洛韦，常口服给药。若发生继发感染，可使用夫西地酸乳膏、新霉素软膏等，也可使用红外线仪器进行局部照射促进水疱尽快结痂。
总之，当发现阴茎上长小水疱时，要尽快就医诊断具体原因，以便采取合适的治疗方法。