功能性消化不良主要表现为上腹部不适，大约有40% - 60%的功能性消化不良患者会出现上腹痛，这种疼痛没有明显的规律，可能是隐痛、胀痛等。
常见消化系统症状
餐后饱胀： 进食少量食物后就感觉肚子很饱，一般进食正常餐量的1/2就觉得饱胀难忍，而且这种饱胀感会持续较长时间，有的患者餐后数小时仍有饱胀感。早饱感： 进食量明显少于常人时就有饱腹感，比如正常人能吃一碗饭，而患者吃半碗就觉得已经吃饱，无法再进食。
伴随症状表现
上腹部烧灼感： 患者会感觉上腹部有灼热样的不适，就像有一团火在烧一样，这种烧灼感可能会在进食后加重或者减轻，没有固定的规律。嗳气： 患者会频繁地嗳气，有的时候一口气接一口气地嗳气，嗳气后可能会感觉稍微舒服一点，但很快又会出现嗳气的情况。部分患者还可能伴有恶心，少数人会出现呕吐，不过呕吐物多为胃内的容物，量一般不多。
精神心理相关表现
焦虑抑郁倾向： 约有50%左右的功能性消化不良患者会伴有焦虑或者抑郁的情绪。患者可能会表现出情绪低落、对事物缺乏兴趣、容易紧张、坐立不安等情况。而且精神心理因素还可能会加重消化不良的症状，形成一个恶性循环。比如长期焦虑的患者，消化不良的症状可能会持续不缓解或者反复发作。睡眠障碍： 很多功能性消化不良患者会出现睡眠障碍，表现为入睡困难、睡眠浅、易惊醒等。睡眠不好又会反过来影响消化系统的功能，进一步加重消化不良的症状。