三岁宝宝晚上睡觉磨牙，主要有以下这些原因：
一、营养不均衡。可能是缺钙或缺乏其他微量元素。如果是这种情况，可带孩子去医院做微量元素测定，以便明确缺少哪种元素进而进行补充。比如缺钙的话，可能会导致宝宝骨骼发育不良、易哭闹等；而缺乏其他微量元素也会对宝宝的身体和生长发育产生各种不良影响。
二、白天情绪因素。孩子白天的情绪若过于激动兴奋或者紧张害怕，尤其是睡前过度兴奋，都有可能引发磨牙。孩子情绪过于激动兴奋时，大脑神经可能会长时间处于活跃状态，从而在睡眠中通过磨牙表现出来；而紧张害怕情绪则可能使孩子心理压力较大，同样可能引起磨牙现象。
三、换牙期间。宝宝在换牙期间，由于牙龈发痒，也可能会引发轻微的磨牙现象。换牙是孩子成长过程中的一个重要阶段，牙龈的不适感会让孩子在睡觉时不自觉地磨牙。
四、肠道问题。可能是肠道内有寄生虫，或者消化功能紊乱所导致。肠道寄生虫会扰乱肠道正常功能，引起孩子不适进而磨牙；消化功能紊乱时，孩子的肠胃不能正常工作，也容易出现磨牙症状。
五、遗传因素。如果父母有磨牙的习惯，那么孩子磨牙的风险也会增大。因为遗传可能会使孩子在某些生理特征或行为表现上与家长较为相似。
总之，三岁宝宝睡觉磨牙可能是多种因素综合作用的结果，家长需要仔细观察和分析，以便采取合适的应对措施。