肛瘘主要症状表现为肛周反复流脓，一般每天可能有少量到中等量的脓液流出，脓液量多少因肛瘘类型而异，低位单纯性肛瘘脓液相对少些，高位复杂性肛瘘可能脓液量较多。
肛周肿痛
急性发作时肿痛明显：当肛瘘内口感染，炎症蔓延时，会出现肛周的肿痛，这种肿痛可能持续数天到数周不等。特别是在脓液引流不畅时，肿痛会加重。慢性期也有坠胀感：慢性肛瘘患者有时会感觉肛周有坠胀不适的感觉，尤其是在行走或者久坐后可能会更明显。
瘙痒不适
分泌物刺激皮肤：肛瘘不断有脓液流出，这些脓液会刺激肛周皮肤，导致肛周皮肤瘙痒。长期的瘙痒会让患者忍不住搔抓，进而可能引起皮肤破损、感染加重等情况。夜间瘙痒更明显：部分患者在夜间休息时，肛周瘙痒感会更突出，影响睡眠质量。
肿块表现
外口可摸到硬结：在肛瘘的外口处，有时可以摸到硬结，按压时可能有疼痛感。这是因为肛瘘周围组织反复炎症刺激，形成了纤维组织增生。管道走向可触及：如果肛瘘的管道位置表浅，有时可以沿着管道走行触摸到条索状的东西，这是肛瘘的瘘管所在。