四价宫颈癌疫苗的副作用相对较轻微，多数人接种后不会出现严重问题。一般来说，约10% - 30%的人可能会出现一些常见副作用。
局部副作用：
接种部位疼痛： 接种后，约20% - 30%的人会在接种部位感到轻度至中度疼痛，这种疼痛通常会在1 - 2天内自行缓解。接种部位红肿： 约10% - 15%的人接种后接种部位会出现红肿，红肿范围一般较小，直径多在2 - 5厘米左右，也会在数天内消退。
全身副作用：
发热： 少数人接种后可能出现发热，一般为低热，体温多在37.5℃ - 38.5℃之间，出现发热的比例约为5% - 10%，通常发热会持续1 - 2天。疲劳： 约10%左右的人接种后会感觉疲劳，这种疲劳感一般比较轻微，不影响正常生活，多数在1 - 2周内恢复。
其他可能副作用：
头痛： 约5% - 8%的人接种后会出现头痛症状，头痛程度一般较轻，通过休息等方式可缓解。肌肉酸痛： 少数人接种后会有肌肉酸痛的情况，以接种部位周围的肌肉或全身肌肉轻度酸痛为主，持续时间较短，通常数天内消失。需要注意的是，以上副作用大多是暂时的、轻微的，一般不需要特殊处理。但如果副作用持续时间较长或症状较为严重，如发热超过38.5℃且持续不退、局部红肿范围不断扩大等，应及时就医。同时，对疫苗成分过敏的人、处于发热期的人、妊娠期女性等不适合接种四价宫颈癌疫苗。