例假干净三天后又有出褐色分泌物，可能由多种原因引起。一般来说，这种情况可能与内分泌失调、妇科疾病等有关。比如，排卵期出血就比较常见，通常是在两次月经中间，也就是下次月经前14天左右，可能会出现少量褐色分泌物，一般持续1~3天。
内分泌失调因素
黄体功能不全： 黄体是排卵后形成的结构，若黄体功能不全，会导致孕激素分泌不足，使得子宫内膜不能维持稳定，就可能出现月经干净后又有褐色分泌物的情况。一般通过激素检测可发现孕激素水平偏低。甲状腺功能异常： 甲状腺分泌的激素对月经周期有调节作用，当甲状腺功能亢进或减退时，可能影响内分泌平衡，从而出现月经异常，包括例假干净后又有褐色分泌物。通过甲状腺功能检查能明确是否存在异常。
妇科疾病因素
宫颈炎： 宫颈发生炎症时，宫颈组织比较脆弱，容易出血，血液在宫腔或阴道内停留时间较长，就会氧化成褐色，表现为例假干净后有褐色分泌物。患者可能还伴有白带增多、性交痛等症状，妇科检查可发现宫颈充血、水肿等表现。子宫内膜炎： 子宫内膜受到炎症刺激，会出现不规则的少量出血，导致例假干净后又有褐色分泌物。患者可能伴有下腹部疼痛、白带增多且有异味等症状，B超检查可能发现子宫内膜增厚、回声不均匀等情况。子宫肌瘤： 尤其是黏膜下子宫肌瘤，会影响子宫收缩，使子宫内膜面积相对增大，导致月经异常，出现例假干净后又有褐色分泌物的情况。可通过B超检查发现子宫内有肌瘤存在。
其他因素
放置宫内节育器： 部分女性放置宫内节育器后，可能会出现例假干净后又有褐色分泌物的情况，这是因为节育器刺激子宫内膜，引起少量出血。一般在放置后的前3~6个月比较常见，随着身体对节育器的适应，症状可能会有所缓解。药物影响： 服用某些药物，如紧急避孕药，可能会打乱体内的激素平衡，导致内分泌失调，出现例假干净后又有褐色分泌物的情况。紧急避孕药含有较高剂量的孕激素，服用后可能会引起撤退性出血等月经紊乱表现。