做药物流产的最佳时间是怀孕35至49天之间。
一、怀孕时间与激素水平及药物反应的关系：在怀孕35至49天内，患者体内激素水平相对较高，会对药物更为敏感，这样吃药后出现不全流产的几率就比较低。而若是过早吃药，因为体内激素水平较低，对药物的反应就会较弱，所以吃药后发生不全流产的概率会较高。
二、不全流产的后续处理：如果患者不能实现完全流产，通常就需要进行二次手术，比如清宫手术等。
总之，药物流产要选择合适的时间，以尽量避免不全流产及后续手术的情况发生。同时，具体的流产方式还需根据个人实际情况，在医生的专业指导下进行选择和操作。