肾积水通常是由尿路梗阻引起的，比如约60%的肾积水是由尿路结石导致的，结石会堵塞输尿管，使尿液排出受阻，进而引发肾积水。
一、泌尿系统自身病变导致
肾盂输尿管连接部狭窄：这是比较常见的先天性因素，胎儿在发育过程中，肾盂与输尿管连接的部位出现狭窄，就会影响尿液从肾盂流入输尿管，长时间就会造成肾积水，这种情况在儿童中相对多见。输尿管囊肿：输尿管末端的囊性肿物会阻碍尿液排出，使得输尿管内压力增高，继而影响到肾脏的尿液引流，引发肾积水。
二、外部病变压迫所致
盆腔肿瘤：像子宫肌瘤、卵巢癌等盆腔内的肿瘤，如果生长较大，可能会压迫到输尿管，导致输尿管梗阻，从而引起肾积水。比如较大的子宫肌瘤可能会压迫一侧或双侧输尿管，影响尿液的正常通行。腹膜后纤维化：腹膜后组织发生纤维化病变，会包裹、压迫输尿管，使输尿管管腔变窄，尿液排出不畅，进而造成肾积水，这种情况在中年男性中相对更易发生。
三、神经源性膀胱引起
神经源性膀胱：由于神经系统病变，比如脊髓损伤、多发性硬化等，导致膀胱的排尿功能出现障碍，尿液不能正常从膀胱排出，就会逆流到输尿管甚至肾脏，引起肾积水。这类患者往往同时伴有排尿困难、尿失禁等表现。