包皮上长小疙瘩通常需考虑皮脂腺囊肿、毛囊炎、生殖器疱疹、尖锐湿疣、珍珠状阴茎丘疹等情况，需明确病因后对症用药，具体如下：
一、皮脂腺囊肿：其会突出于皮肤表面，可呈现红、肿、热、痛等炎性反应。一旦确诊，建议及时通过手术予以切除。
二、毛囊炎：主要表现为以毛囊为中心的丘疹或者脓丘疱疹，有时会出现脓疱破裂、结痂现象，还可能伴有疼痛和瘙痒症状。可在医生指导下服用盐酸米诺环素胶囊、阿奇霉素等药物进行治疗。
三、生殖器疱疹：主要表现为皮肤的红斑丘疹、斑丘疹、水疱等，常常伴有瘙痒或者疼痛感。建议出现症状的患者尽快到医院就诊，在医生指导下服用抗病毒药物，同时联合一些外用药物进行治疗，比如常用的有干扰素凝胶、红霉素软膏等。
四、尖锐湿疣：症状表现为外阴出现一些较小的乳头状赘生物，可能伴有疼痛、发痒、性交不适、出血等情况。建议在医生指导下使用氟尿嘧啶软膏、鬼臼毒素酊等药物进行治疗。
五、珍珠状阴茎丘疹：在阴茎冠状边缘和冠状沟会出现珍珠状丘疹，一般不痛不痒，只需定期观察即可。
总之，当发现包皮上长小疙瘩时，要准确判断是哪种情况，然后依据具体病情选择合适的治疗方法。