怀孕48天出现褐色分泌物但量少，可能是以下原因引起：
1.先兆流产：怀孕48天时，褐色分泌物可能是先兆流产的表现。先兆流产主要与胚胎染色体异常、孕妇内分泌异常、母体生殖道异常、免疫功能异常等有关。此外，孕妇在孕期过度劳累、压力过大、长期接触有害物质等，也可能导致先兆流产。如果出现褐色分泌物，同时伴有阵发性下腹痛或腰背疼痛，应及时就医，医生一般会建议进行超声检查、血HCG和孕酮检测等，以明确诊断。如果确诊为先兆流产，应注意休息，避免劳累和性生活，同时在医生的指导下进行保胎治疗，如使用黄体酮、地屈孕酮等孕激素。
2.异位妊娠：异位妊娠也称宫外孕，是指受精卵在子宫体腔以外的部位着床。怀孕48天时，褐色分泌物也可能是异位妊娠的表现。异位妊娠时，受精卵在输卵管、卵巢、腹腔等部位着床，随着受精卵的生长发育，会导致输卵管破裂、腹腔内出血等严重后果。因此，如果出现褐色分泌物，同时伴有一侧下腹部隐痛或酸胀感，应及时就医，进行超声检查、血HCG检测等，以明确诊断。如果确诊为异位妊娠，应及时进行治疗，治疗方法包括药物治疗和手术治疗，具体治疗方法应根据病情的严重程度、患者的年龄、生育要求等因素综合考虑。
3.葡萄胎：葡萄胎是一种良性滋养细胞疾病，与妊娠相关。怀孕48天时，褐色分泌物也可能是葡萄胎的表现。葡萄胎的发生与卵子或精子的异常、抑癌基因缺失、营养因素等有关。葡萄胎患者的子宫大于停经月份，质软，血清HCG水平异常升高。此外，还可能出现阴道流血、腹痛等症状。如果出现褐色分泌物，应及时就医，进行超声检查、血HCG检测等，以明确诊断。如果确诊为葡萄胎，应及时进行清宫术，并定期随访。
4.其他：除了上述原因外，宫颈息肉、阴道炎、宫颈炎等也可能导致怀孕48天时出现褐色分泌物，但量少的情况。
总之，怀孕48天时出现褐色分泌物但量少，可能是正常的，也可能是异常的。如果出现这种情况，建议及时就医，进行相关检查，以明确诊断，并采取相应的治疗措施。同时，孕妇应注意休息，避免劳累和性生活，保持心情舒畅，按时产检。