小儿腹泻时常用的药物有肠黏膜保护剂，比如蒙脱石散，它能吸附病原体和毒素，对消化道内的病毒、细菌及其产生的毒素有固定、抑制作用，一般按儿童年龄服用相应剂量即可。
针对病因的用药情况
如果是细菌感染引起的小儿腹泻，可能会用到抗生素，如头孢克肟等，但使用抗生素需严格遵医嘱，因为要根据感染的细菌种类来选择合适的抗生素，且不能自行滥用。而如果是病毒感染导致的腹泻，目前并没有特效的抗病毒药物，主要是进行对症支持治疗。
调节肠道菌群的药物
常用的有双歧杆菌三联活菌散等益生菌制剂。这类药物可以调节肠道菌群平衡，抑制有害菌的生长，一般需要用温水冲服，且水温不宜过高，通常在40℃以下，因为过高的温度会杀死益生菌，影响药效。不同年龄段的小儿服用的剂量可能不同，比如6个月以下婴儿一次半包，一天2 - 3次；6个月 - 3岁小儿一次1包，一天2 - 3次等。
缓解腹泻症状的其他药物
像口服补液盐，这是预防和纠正脱水的重要药物。小儿腹泻容易引起脱水和电解质紊乱，口服补液盐能补充水分和丢失的电解质。根据小儿的体重和脱水程度来计算服用量，一般轻度脱水每公斤体重50 - 100毫升，在4 - 6小时内喝完；中度脱水每公斤体重100 - 150毫升，在4 - 6小时内喝完。另外，消旋卡多曲颗粒也可用于治疗小儿急性腹泻，它通过抑制脑啡肽酶的活性，减少水和电解质的分泌。