孕酮低可能会有多种症状表现。一般来说，女性孕酮低时，在怀孕早期可能出现阴道少量出血、下腹部隐痛等症状，这种情况若不重视可能会增加流产风险。
月经方面的症状
月经周期改变： 孕酮对月经周期有调节作用，孕酮低可能导致月经周期紊乱，比如原本规律的月经，周期可能会变长或变短。有的女性原本28天左右来一次月经，孕酮低时可能变成35天甚至更长时间来一次。月经量异常： 还可能出现月经量增多或减少的情况。部分女性孕酮低时，月经量会比平时明显增多，出血时间也可能延长；而有些女性则表现为月经量减少，月经颜色也可能发生改变，变得较淡。
怀孕相关的症状
早期妊娠风险： 在怀孕早期，孕酮低会影响胚胎的着床和发育。孕妇可能会出现阴道少量流血，颜色可为暗红色或褐色，同时伴有下腹部坠胀感或隐痛。如果孕酮持续过低，发生先兆流产的可能性会大大增加，据统计，约有30% - 40%的孕酮低孕妇会发展为先兆流产。妊娠中晚期影响： 在妊娠中晚期，孕酮低可能会影响子宫的稳定性，增加早产的风险，不过相对早期来说，中晚期因孕酮低导致早产的比例相对早期低一些，但也不可忽视。
其他身体表现
乳房变化： 孕酮低还可能引起乳房的变化，比如乳房胀痛感减轻。正常情况下，孕期孕酮维持在一定水平时乳房会有胀痛、饱满等感觉，孕酮低时这种感觉会有所减弱。基础体温变化： 女性的基础体温会受孕酮影响，孕酮低时基础体温可能较正常情况有所下降。正常排卵后，基础体温会升高0.3 - 0.5℃并维持14天左右，如果孕酮低，基础体温升高的幅度可能不够，或者升高后维持的时间较短。