男感染HPV后，多数人没有明显症状，部分人可能出现生殖器部位的异常表现。比如，有的男性感染低危型HPV后，可能在生殖器、肛门周围出现菜花状、乳头状的疣体，大小从几毫米到几厘米不等。
无症状情况
大部分男性感染HPV后处于潜伏感染状态，没有任何临床表现，自身也察觉不到异常，这种情况占感染人数的相当一部分比例，可能会在机体免疫力发挥作用时自行清除病毒。
低危型HPV感染表现
生殖器部位疣体： 当感染低危型HPV，如HPV6、11型等，可能在生殖器部位出现疣体。常见于阴茎、阴囊、肛周等部位，疣体初始可能是细小的淡红色丘疹，之后逐渐增大增多，形态多样，有的像菜花状，表面不光滑，触碰易出血。一般没有明显疼痛，但如果疣体发生摩擦、破溃等情况可能会有不适感。潮湿部位症状： 在潮湿的会阴部位，疣体可能生长速度相对快一些，而且如果不注意个人卫生，还可能导致局部潮湿加重，增加细菌感染的风险，出现局部红肿、瘙痒等情况，但这不是必然会出现的。
高危型HPV感染表现
初期可能无症状： 感染高危型HPV，如HPV16、18型等，早期通常也没有明显症状，和低危型HPV潜伏感染类似，容易被忽视。长期感染风险： 但高危型HPV持续感染可能会引发病变，比如可能导致阴茎癌等恶性肿瘤，但这是一个相对漫长的过程，一般需要数年甚至更长时间，不是感染后马上就会出现严重问题。不过如果长期感染高危型HPV且没有被自身免疫系统清除，就需要密切关注身体变化，定期进行相关检查，如HPV检测、阴茎部位的防癌筛查等。