小脑萎缩目前尚无特效药物能完全根治，但可以通过一些药物来缓解症状。一般来说，常用的药物有甲钴胺等神经营养药物，它能在一定程度上营养神经，可能对小脑萎缩相关的神经损伤有一定帮助，但效果因人而异。
神经营养类药物
甲钴胺： 属于维生素B12的衍生物，能参与脑细胞和脊髓神经细胞胸腺嘧啶核苷的合成，促进叶酸的利用和核酸代谢，对神经系统有营养作用。不过，长期大剂量使用可能会有一些不良反应，需在医生指导下使用。胞磷胆碱钠： 可以增加脑血流量，促进大脑物质代谢，改善脑循环。它能增强脑干网状结构上行激活系统的机能，增强锥体系统的机能，改善运动麻痹，对促进大脑功能的恢复和促进苏醒有一定作用。
改善共济失调类药物
丁螺环酮： 可以通过调节脑内5 - 羟色胺等神经递质来改善小脑萎缩患者的共济失调症状。但它可能会引起头晕、头痛、恶心等不良反应，使用时要密切观察。氯硝西泮： 对小脑萎缩导致的共济失调有一定的缓解作用，能抑制中枢神经系统的神经元活动。不过，长期使用可能会产生依赖性，且可能引起嗜睡、共济失调加重等问题，需谨慎使用。
抗氧化及自由基清除类药物
维生素E： 是一种抗氧化剂，能阻止不饱和脂肪酸过氧化，保护细胞免受自由基损伤。对于小脑萎缩患者，适当补充维生素E可能有助于减轻神经细胞的氧化损伤，但单独使用效果有限，常需配合其他治疗。辅酶Q10： 参与体内的能量代谢，具有抗氧化作用，能够保护细胞免受自由基的损害。它可以改善线粒体功能，对神经系统的能量供应有一定帮助，可能对小脑萎缩相关的神经功能障碍有一定的改善作用。