脑干损伤后需采取综合治疗措施。一般来说，脑干损伤的治疗需要多方面协同进行，通常需要数周甚至数月的康复过程。
急救与初期处理
保持呼吸道通畅： 脑干损伤患者常伴有呼吸功能紊乱，要及时清除口腔分泌物等，必要时进行气管插管或切开，以保证有效的气体交换。通常在发现患者呼吸不畅等情况时就要立即进行相关操作。维持循环稳定： 密切监测血压、心率等生命体征，若出现循环不稳定，需及时采取相应措施，如使用血管活性药物等维持血压在合适范围。
药物治疗辅助
神经营养药物： 常用的有胞磷胆碱，它可以改善脑组织代谢，促进神经功能恢复。还有神经节苷脂，能参与神经细胞膜的合成、修复等过程，对神经细胞的保护有一定作用。减轻脑水肿药物： 如甘露醇，通过快速静脉滴注，可提高血浆渗透压，使脑组织脱水，减轻脑干周围的水肿，降低颅内压。一般根据患者颅内压情况决定使用剂量和频率。
康复治疗介入
康复训练时机： 在患者生命体征稳定后，通常是发病后1 - 2周左右，就可以开始进行康复评估，并逐步开展康复训练。康复训练内容： 包括肢体的被动运动，防止肌肉萎缩和关节僵硬；进行吞咽功能训练，若存在吞咽障碍的情况，从简单的吞咽动作练习开始，逐步过渡到经口进食；还包括语言功能训练，对于有语言障碍的患者，进行发音、词汇等方面的训练。
并发症预防与处理
肺部感染预防： 定时为患者翻身、拍背，促进痰液排出，一般每2小时左右翻身一次。如果发生肺部感染，要根据痰培养等结果选用敏感抗生素进行治疗。压疮预防： 定期检查患者皮肤情况，保持皮肤清洁干燥，使用气垫床等预防压疮。一旦出现压疮，要根据压疮的分期进行相应处理，如早期进行清创、换药等。