三个月不来月经且身体不适，首先要明确原因后再考虑用药。一般引起三个月不来月经的原因有内分泌失调、多囊卵巢综合征等。如果是内分泌失调导致，可在医生指导下考虑使用激素类药物，但具体用药需先检查。
可能的原因及初步判断
三个月不来月经可能由多种原因引起，比如内分泌失调，这可能与长期压力大、生活不规律等有关；多囊卵巢综合征也会导致月经紊乱，常伴有肥胖、多毛等表现。要先通过检查性激素六项、B超等明确原因。
药物使用的注意事项
如果是内分泌失调引起，可能会用到雌激素、孕激素等药物来调节月经。但雌激素类药物如戊酸雌二醇，孕妇禁用，有血栓病史者也要慎用；孕激素类药物如黄体酮，对有严重肝肾功能不全者要谨慎使用。
非药物调理方式
首先要调整生活方式，保证充足睡眠，每天尽量保证7 - 8小时的睡眠时间。还要注意饮食均衡，多摄入富含蛋白质、维生素的食物，如瘦肉、新鲜蔬菜和水果等。另外，要减少压力，可通过适当运动、听音乐等方式缓解压力，运动可选择每周进行3 - 5次，每次30分钟左右的有氧运动，像快走、慢跑等。
特殊人群的情况
对于青春期女性出现三个月不来月经，一般不建议自行用药，要先就医检查，因为可能与身体发育不完善有关；而围绝经期女性出现这种情况，要考虑是绝经前的正常月经紊乱表现，但也需要排除其他疾病，用药更要谨慎，需在医生评估下进行处理。