男生尿尿疼的原因主要有以下几种常见情况。
一、尿道感染：这是最为常见的，比如尿道炎和前列腺炎。
1.尿道炎：主要症状包括尿频、尿痛、尿急以及血尿。急性发作时尿道口发红，早晨起来时症状往往更严重，多次排尿后症状可能会减轻甚至消失，尿道口通常伴有透明黏液样分泌物。
2.前列腺炎：临床表现为前列腺炎症候群。盆骶疼痛表现为疼痛一般位于耻骨上、腰骶部及会阴部，放射痛可表现为尿道、精索、睾丸、腹股沟、腹内侧部疼痛；排尿异常表现为尿频、尿急、尿痛、排尿不畅、尿线分叉、尿后沥滴、夜尿次数增多；偶尔还会并发诸如性欲减退、早泄、射精痛、勃起减弱及阳痿等性功能障碍。
二、泌尿系统结石：在早期可能没有疼痛症状，但随着结石逐渐增大或者继发性结石增多，排入尿道时容易嵌入其中，会出现剧烈疼痛，常常放射至阴茎头部，可出现排尿困难、尿线变细或分差，严重时会导致尿潴留，引起急迫性尿失禁，还可能出现脓尿或血尿。
三、膀胱结核：属于泌尿系结核的一部分，症状类似。因为多数膀胱结核来源于肾结核，所以早期病变可能在肾脏，早期往往没有任何临床症状，而随着病情发展，膀胱刺激征会较为明显，表现为尿频、尿急、尿痛。
总之，男生尿尿疼可能由多种原因引起，需要根据具体症状和检查来明确诊断并进行相应治疗。