女性长期吃避孕药可能会带来一些危害。一般来说，长期服用避孕药可能增加血栓形成的风险，有研究表明，长期口服复方短效避孕药的女性，静脉血栓形成的风险比未使用者高2~3倍。
对代谢的影响
对体重的影响：部分女性长期吃避孕药后可能出现体重增加的情况。这是因为避孕药中的某些成分可能会影响体内的代谢，导致水钠潴留以及脂肪代谢的变化。不过，并不是所有女性都会出现体重明显增加，个体差异较大。对糖代谢的影响：长期服用避孕药可能会对糖代谢产生一定影响。有研究发现，少数女性在长期服用后可能出现糖耐量异常的情况，虽然一般不会发展为糖尿病，但对于本身有糖尿病家族史或者有糖代谢异常倾向的女性来说，需要密切关注血糖变化。
对生殖系统的影响
停药后受孕问题：长期吃避孕药后，部分女性可能会出现停药后短期内不易受孕的情况。这是因为避孕药会抑制下丘脑 - 垂体 - 卵巢轴的功能，使得卵巢的排卵功能受到抑制，一般停药后需要一段时间让卵巢功能恢复，这个时间可能因人而异，有的女性可能需要1~3个月才能恢复正常排卵。对月经的影响：长期服用避孕药可能会引起月经紊乱。比如出现月经周期缩短、经期延长、经量减少等情况。不过，也有部分女性在长期服药后月经会逐渐变得规律，但如果出现较为严重的月经紊乱情况，就需要及时就医调整用药。
对身体其他系统的影响
对肝脏的影响：长期服用避孕药需要经过肝脏代谢，可能会对肝脏功能有一定影响。虽然大多数女性的肝脏功能在用药期间仍能维持在正常范围内，但有少数女性可能会出现肝功能指标轻度异常的情况，不过一般在停药后会逐渐恢复正常。对情绪的影响：有部分女性长期吃避孕药后可能会出现情绪方面的变化。例如出现抑郁、焦虑等情绪问题。这可能与避孕药对体内激素水平的影响进而影响神经递质有关，但具体机制还在进一步研究中，而且并不是所有女性都会出现这种情况。