传染性软疣主要通过局部治疗来去除，一般可以采用夹除术。医生会用镊子将软疣小体完全夹除，这是比较常用的方法，操作相对简单，通常在医院皮肤科就能进行。
物理治疗方法
冷冻治疗： 利用低温使软疣组织坏死脱落。一般液氮冷冻是常见的方式，通过低温破坏软疣病毒感染的细胞，但可能需要多次治疗才能完全去除。激光治疗： 用激光的高能量烧灼疣体，使其碳化脱落。这种方法对于较大的疣体可能效果较好，但术后要注意创面护理，避免感染。
局部药物治疗
外用抗病毒药物： 比如酞丁安乳膏，它可以抑制病毒的复制。但使用时要注意涂抹范围，避免接触到正常皮肤，一般每天涂抹2 - 3次，连续使用一段时间可能会有效果。不过其起效相对较慢，需要坚持使用。斑蝥素： 也可用于治疗传染性软疣，但使用时要严格按照医生指导，因为它有一定刺激性，不能大面积使用，防止引起不良反应。
日常注意事项
避免搔抓： 传染性软疣患者要尽量避免搔抓疣体，因为搔抓可能会导致病毒扩散，引起更多部位出现软疣。一旦搔抓后，要注意局部皮肤的清洁，防止继发细菌感染。注意个人卫生： 保持皮肤清洁干燥，勤换衣物。尤其是贴身衣物，要定期清洗并暴晒，减少病毒残留的可能。在公共浴室、泳池等场所要注意防护，避免间接接触感染他人。增强免疫力： 日常生活中要注意合理饮食，保证营养均衡，适当进行体育锻炼，如每天散步30分钟以上等，以增强身体免疫力，有助于身体对病毒的抵御，促进病情恢复。