新型肺炎患者康复后可能出现多种后遗症，比如肺部方面，有研究显示约30%的患者在患病6个月后仍存在肺部纤维化的情况，影响肺部的正常功能。
肺部相关后遗症
呼吸功能受限：部分患者会出现活动后气短的情况，进行日常轻度活动，如快走、爬楼梯等就会比患病前更容易气喘。另外，肺功能检查显示，一些患者的肺活量会下降，比如较患病前下降10% - 20%左右。咳嗽迁延不愈：有大概20% - 30%的患者会遗留长期咳嗽症状，这种咳嗽可能是刺激性干咳，持续时间可达数月。
全身系统后遗症
疲劳乏力：约50%以上的康复者会长期感到疲劳，即使经过适当休息，疲劳感也难以完全消除，这种疲劳感可能会持续3个月甚至更久。肌肉骨骼问题：部分患者会出现肌肉疼痛，尤其是四肢肌肉，有的患者还会有关节疼痛，像膝关节、肩关节等部位可能会反复出现酸痛不适。
神经系统后遗症
睡眠障碍：大约40%的康复者存在睡眠问题，表现为入睡困难、多梦、易醒等，严重影响睡眠质量。认知障碍：少数患者会出现记忆力减退、注意力不集中等认知方面的问题，比如记不住近期发生的事情，在工作或学习中难以集中精力。
心理精神方面后遗症
焦虑抑郁：有研究发现，约10% - 20%的康复者会出现不同程度的焦虑或抑郁情绪，可能表现为情绪低落、对事物缺乏兴趣、担心自己健康状况等。