三个月宝宝大便有点稀有点绿可能由消化不良或胃肠炎引起，治疗方法因病因不同而异，应前往医院明确病因后对症治疗，具体如下：
一、消化不良：
1.多由宝宝牛奶蛋白过敏或妈妈饮食所致。主要表现为腹胀、腹泻、呕吐、哭闹等症状。可去医院检验宝宝粪便中是否有细菌。
2.妈妈要调节饮食。
3.可在医生指导下服用肠道益生菌类药物进行调节。
二、胃肠炎：
1.是胃肠道黏膜的急性炎症，常因接触被病原微生物污染的食物或水引起。常见表现有恶心、呕吐、腹泻、发热、寒战、头痛等，还可能伴有黏膜干燥、心动过速、皮肤弹性差、皮肤变暗、黑眼圈、玻璃状眼睛等症状。
2.需根据患者自身情况，在医生指导下通过庆大霉素、东莨菪碱、多潘立酮、莫沙必利等药物进行治疗。
3.可适当给宝宝腹部热敷，按摩肚脐缓解不适。母乳喂养的妈妈要注意饮食清淡，多饮水，忌辛辣、油腻、生冷等刺激性食物，如辣椒、大蒜、可乐、咖啡等，多食用新鲜蔬菜水果和有营养食物，如牛奶、苹果、香蕉、生菜等。平时要注意护理，做好宝宝腹部保暖工作，以防腹部受凉。要注意宝宝个人卫生，每天进行局部清洗。注意长期居住环境的卫生情况，室内常通风，保持室内空气清新。尽量为宝宝营造健康、干净的生长环境。
总之，当发现三个月宝宝大便异常时，要及时就医，明确具体原因后采取针对性的治疗和护理措施，同时家长要做好各方面的护理工作，为宝宝创造良好的生活环境。