巨细胞病毒感染的症状因感染人群和感染部位不同而有所差异。对于健康成年人，多数人感染后无明显症状，约1/3的人可能出现类似单核细胞增多症的表现，如发热、乏力、咽痛、淋巴结肿大等，一般持续1-3周可自行缓解。
先天性巨细胞病毒感染症状
胎儿期感染： 部分胎儿感染巨细胞病毒后可能出现生长受限，出生体重低于同孕周正常婴儿。还可能导致肝脏受损，出现黄疸，表现为皮肤和巩膜黄染，黄疸持续时间可能较长。新生儿期感染： 除了可能有生长发育迟缓外，还可能出现血小板减少性紫癜，表现为皮肤有瘀点、瘀斑，口腔黏膜也可能有出血点；也可能有肺炎表现，如呼吸急促、发绀等。
儿童及成人后天获得性巨细胞病毒感染症状
呼吸道感染： 如果是呼吸道感染巨细胞病毒，可能出现咳嗽，多为干咳或伴有少量白痰，部分人可能有胸痛；还可能有发热，体温一般在38℃左右，可持续数天。消化道感染： 感染后可能出现食欲不振，食量明显减少；还可能有腹痛、腹泻，腹泻次数可能较多，每天可达数次至十余次，大便多为稀水样。
免疫缺陷人群感染症状
艾滋病患者等免疫缺陷者： 感染巨细胞病毒后症状较为严重且多样。可能出现视网膜炎，导致视力下降、视物模糊，严重时可致失明；还可能有胃肠道症状，如持续的腹痛、腹泻，腹泻严重时可引起脱水、电解质紊乱；也可能出现神经系统症状，如头痛、意识障碍等。