男生肾疼的原因包括以下几种：
一、尿路结石：当尿路结石卡在输尿管，特别是在其3个生理狭窄处时，会引发尿路梗阻，进而导致肾绞痛。这种疼痛多在深夜至凌晨发作，主要表现为腰部明显疼痛不适、伴有血尿，同时患者还可能出现恶心、呕吐、面色苍白、出冷汗甚至休克等症状。
二、尿路感染：多见于上尿路感染的患者。由于炎症对肾脏造成损伤，出现肾乳头坏死和肾周脓肿，从而使患者出现腰部疼痛不适，除了疼痛外，还可伴有血尿以及发热现象。
三、肾囊肿：体积较小的肾囊肿患者通常无相应临床症状。然而，当肾囊肿体积增大到超过5厘米时，囊肿会对周围组织形成压迫，进而导致腰部出现胀痛不适、疼痛等表现。
四、肾脏肿瘤：当肾脏肿瘤体积较大时，会对肾脏周围组织产生压迫，致使出现腰部疼痛不适的状况。
总结概况提示：男生肾疼可能由多种原因引起，包括尿路结石、尿路感染、肾囊肿和肾脏肿瘤等，每种原因都有其特定的症状表现，应根据具体情况进行诊断和治疗。