巧克力囊肿对怀孕的影响不确定，取决于囊肿大小及症状。
一、不影响怀孕。若巧克力囊肿形成时间短、体积小，未造成盆腔粘连且不影响卵巢正常排卵，通常就不会对怀孕产生影响。比如有些患者的巧克力囊肿情况较轻，可能不会引发明显的盆腔粘连，卵巢排卵功能也能正常维持，这样就不太会干扰受孕过程。
二、影响怀孕。当巧克力囊肿较大并引发盆腔粘连时，可能影响输卵管对卵子的拾取，进而影响怀孕；若巧克力囊肿生长在卵巢上，有可能干扰卵巢排卵，同样会影响怀孕，甚至导致不孕。比如较大的巧克力囊肿可能严重影响盆腔的结构和功能，导致输卵功能异常；如果在卵巢部位的巧克力囊肿严重影响了卵巢的排卵机制，就会使受孕变得困难。
若因巧克力囊肿影响怀孕，可到医院进行腹腔镜根治。
总之，巧克力囊肿对怀孕的影响有多种情况，要根据具体情况来判断，而对于因巧克力囊肿导致怀孕困难的情况，可采取相应治疗措施。