金水宝胶囊是发酵虫草菌粉制成的中成药，目前临床应用中其副作用较少被报道，不过仍有个别情况需注意：
消化系统方面：少数人服用后可能出现胃部不适，如服药后出现轻度的胃胀、胃痛等，这可能与个体的胃肠道敏感性差异有关，有些人本身胃肠道较为敏感，在药物刺激下就可能出现此类反应。一般来说，症状通常较轻，不影响继续用药，但如果症状持续不缓解或加重，就需要引起重视。
过敏反应：极个别患者可能对金水宝胶囊中的成分过敏，出现皮肤瘙痒、皮疹等过敏表现。过敏反应的发生与个体的过敏体质相关，过敏体质者在接触到药物中的某些特定成分时，免疫系统被激活，从而引发过敏症状。一旦出现过敏，应立即停药，并进行相应的抗过敏治疗。
特殊人群需谨慎
-儿童：儿童处于生长发育阶段，肝肾功能尚未完全成熟，金水宝胶囊在儿童群体中的安全性和有效性研究相对较少，一般不建议儿童随意服用金水宝胶囊，除非在医生严格评估病情后，认为获益大于潜在风险时才谨慎使用。
-孕妇和哺乳期女性：孕妇和哺乳期女性属于特殊人群，目前关于金水宝胶囊对胎儿和婴儿的影响尚不明确，为了避免可能存在的未知风险，这类人群使用金水宝胶囊应在医生的指导下进行，医生会综合考虑孕期或哺乳期的具体情况来判断是否使用及如何使用。
-有基础疾病者：患有严重肝肾功能不全、心脏病等基础疾病的患者，在使用金水宝胶囊时也需要格外谨慎。因为这些患者本身肝肾功能代谢能力较弱，药物在体内的代谢过程可能会受到影响，从而增加不良反应的发生风险，所以需要医生在用药前充分评估病情，调整用药方案。