男生变声期喉咙是否会痛需视具体情况而定。如果正确用嗓，通常不会有痛感；而若经常用声不当，则可能出现疼痛。
一、不会痛的情况：
男生在变声期间，要是没有过度使用喉咙，一般不会对喉咙、声带黏膜形成刺激，在这种情况下就不会出现疼痛感。
二、会痛的情况：
如果在变声期时，频繁地过度使用喉咙，比如长时间大声说话、唱歌以及吼叫等，就会对喉咙及声带黏膜造成损害，从而引发喉咙疼痛、声音嘶哑以及喉咙肿痛等症状。
所以，在变声期间应注意合理用嗓，适当补充身体所需营养，保持充足睡眠，这样就能有效避免喉咙痛症状的出现。
总之，男生变声期喉咙是否疼痛受多种因素影响，要根据具体情况来判断，同时要注意保护嗓子。