婴儿胎记形成的原因目前还不完全明确，一般认为可能与血管发育异常、色素沉着等因素有关。据统计，大约有10%的新生儿会有胎记。
血管型胎记的形成
先天性血管发育异常： 婴儿的血管在发育过程中出现异常，比如有些胎记是因为皮肤表面的血管畸形导致的。像鲜红斑痣，就是由于胚胎时期血管发育过程中，血管的内皮细胞出现异常增殖，使得真皮浅层的毛细血管扩张所致。这种胎记往往出生时就有，表现为淡红色或暗红色的斑片，不会自行消退，而且随着孩子年龄增长，颜色可能会加深，面积也可能会扩大。血管内皮细胞增生： 还有一种草莓状血管瘤，是因为血管内皮细胞异常增生形成的。通常在出生后1 - 2个月内出现，最初可能是一个或几个小红点，然后迅速增大，突出皮肤表面，颜色鲜红，质地柔软，就像草莓一样。它的发生机制可能与血管生成因子和抑制因子失衡有关，血管生成因子相对增多，促使血管内皮细胞过度增生。
色素型胎记的形成
色素细胞聚集： 太田痣是比较常见的色素型胎记，它是由于胚胎发育的时候，黑素细胞从神经嵴向表皮移行的过程中，停留在了真皮层导致的。太田痣多发生在面部的单侧，呈现出蓝色、灰蓝色、褐色等不同颜色的斑片。一般在出生时可能不明显，随着年龄增长颜色会逐渐加深，而且不会自行消退。色素沉着异常： 蒙古斑也是一种色素型胎记，多见于婴儿的腰骶部、臀部等部位。它是因为胚胎期黑素细胞向表皮移行时滞留在真皮深部所致，表现为蓝色、灰青色的斑片，通常在儿童期可以自行消退，一般不需要特殊处理。
其他可能因素
遗传因素： 有些胎记可能与遗传有关。如果家族中有亲属有胎记，那么婴儿出现胎记的概率可能会相对高一些。不过目前对于具体的遗传方式还不是完全清楚，可能是多基因遗传等复杂的遗传模式导致。孕期因素： 孕妇在孕期的一些情况也可能对婴儿胎记的形成有一定影响。比如孕期接触某些不良物质，虽然这种情况相对较少见，但有研究推测可能会增加婴儿出现胎记的风险。不过目前这方面的研究还在不断深入，具体的关联机制还需要更多的科学证据来支撑。