孕酮低可能由多种原因引起。一般来说，女性黄体功能不全是常见原因之一，黄体功能不全时，黄体分泌的孕酮量不足。另外，内分泌失调也可能导致孕酮低，比如甲状腺功能异常等情况，会影响激素的平衡，进而影响孕酮水平。还有一些疾病因素，像多囊卵巢综合征患者，其体内激素代谢紊乱，也容易出现孕酮低的状况。
黄体相关因素导致孕酮低
卵巢黄体发育不全： 女性卵巢中的黄体是分泌孕酮的重要结构，如果黄体本身发育不全，就会使得孕酮的分泌量减少。正常情况下，黄体形成并分泌孕酮来维持妊娠初期的激素水平稳定，若黄体发育不好，孕酮自然就会偏低。黄体期异常： 正常的黄体期一般持续一定时间，如果黄体期出现异常缩短等情况，也会影响孕酮的分泌。比如黄体期小于10天，就很可能导致孕酮水平降低。
内分泌失调引发孕酮低
甲状腺功能异常： 甲状腺是人体重要的内分泌器官，当甲状腺功能出现亢进或者减退时，都会影响到整个内分泌系统的平衡。甲状腺功能亢进可能会干扰激素的正常代谢，甲状腺功能减退则会使激素分泌不足，进而影响孕酮的分泌，导致孕酮水平降低。其他激素失衡： 体内其他激素如雌激素等的失衡也可能间接影响孕酮。例如雌激素水平过高或过低，都可能打破激素之间的平衡关系，从而影响孕酮的分泌，使得孕酮处于低水平状态。
疾病因素导致孕酮低
多囊卵巢综合征： 这是一种常见的妇科内分泌疾病，患者体内存在雄激素水平升高、排卵异常等问题。由于排卵异常，卵巢的正常功能受到影响，进而影响到孕酮的分泌，使得孕酮水平偏低。据统计，约有相当比例的多囊卵巢综合征患者存在孕酮低的情况。肾上腺疾病： 肾上腺也是内分泌器官，当肾上腺出现病变时，比如肾上腺皮质功能亢进等，会影响到激素的分泌，进而波及孕酮的分泌，导致孕酮水平降低。肾上腺疾病会干扰体内的激素调节网络，使得孕酮的产生受到影响。