孕酮值降低可能由多种原因引起。一般来说，女性在怀孕早期如果孕酮值降低，可能与胚胎发育异常有关，比如大约15%-25%的自然流产可能与孕酮低相关。
黄体功能不全导致
卵巢本身问题：卵巢中的黄体如果功能不全，就会影响孕酮的分泌，使得孕酮值降低。黄体是排卵后形成的结构，它的主要功能就是分泌孕酮来维持妊娠早期的稳定。内分泌失调影响：女性体内的内分泌系统如果出现紊乱，也会波及黄体功能，进而导致孕酮分泌减少。例如一些患有多囊卵巢综合征的女性，就容易出现孕酮值降低的情况。
胚胎因素引发
胚胎质量不佳：如果胚胎本身存在染色体异常等问题，就可能影响胎盘分泌孕酮的功能，从而使孕妇体内的孕酮值下降。据统计，约有50%-60%的早期流产是因为胚胎染色体异常，同时常伴随孕酮水平降低。胚胎着床异常：胚胎着床过程不顺利，也可能导致孕酮分泌受到影响。比如胚胎着床位置不佳等情况，都可能引发孕酮值降低。
其他可能情况
甲状腺功能异常：甲状腺功能减退等甲状腺疾病会影响身体的激素调节平衡，进而可能引起孕酮值降低。有研究发现，甲状腺功能异常的女性发生孕酮低的概率相对较高。不良生活习惯干扰：长期熬夜、过度劳累等不良生活习惯也可能对内分泌产生不良影响，从而导致孕酮值降低。比如长期熬夜的女性，体内激素分泌容易紊乱，孕酮水平可能会受到波及。