男性小便尿不干净的原因主要包括以下两点：
一、膀胱刺激症状。膀胱刺激症状多见于泌尿系感染、前列腺增生、前列腺炎等情况。除了小便尿不干净外，许多人还伴有尿频、尿急的表现，若是感染时通常还会有尿痛。这种情况下虽然有尿不干净感，但膀胱残余尿往往并不多，所以在治疗方面可针对感染或前列腺进行处理。
1.泌尿系感染：当发生泌尿系感染时，细菌等病原体刺激膀胱黏膜，导致膀胱敏感性增加，从而出现尿不干净、尿频、尿急、尿痛等症状。
2.前列腺增生：前列腺增生早期也可出现类似症状，随着前列腺体积的增大，对尿道的压迫逐渐加重。
3.前列腺炎：前列腺炎可引起前列腺充血、水肿，同样会导致膀胱刺激症状。
二、真性的残余尿增多。由于残余尿增多而导致真性尿不干净，这种情况常见于前列腺增生终末期，即残余尿量大量增加时，或者出现尿道狭窄、尿道结石、神经源性膀胱，以及膀胱神经支配出现障碍导致收缩乏力等情况。此时通过导尿或B超可检测出残余尿大量增加，这种真性的尿不干净需要进行特殊治疗，单纯抗感染是无效的，需要进行导尿并解除膀胱梗阻，以恢复膀胱的张力。
1.前列腺增生终末期：前列腺增生发展到严重阶段，残余尿量明显增多，导致尿不干净且难以改善。
2.尿道狭窄：尿道因各种原因变得狭窄，影响尿液正常排出，造成残余尿增多。
3.尿道结石：结石卡在尿道中，阻碍尿液流出，引起尿不干净和残余尿增加。
4.神经源性膀胱：神经系统病变导致膀胱功能异常，不能正常排尿和储存尿液。
总之，男性小便尿不干净的原因较为复杂，需要根据具体情况进行详细检查和诊断，以便采取针对性的治疗措施，从而有效改善症状。