肩胛背神经卡压综合征的原因主要有以下几方面：
解剖结构因素
解剖位置相对固定：肩胛背神经从臂丛神经锁骨上部分出后，要穿过中斜角肌和小菱形肌之间。这两处结构相对固定，当颈部姿势不当或肌肉异常时，容易对神经产生卡压。比如长期保持不良坐姿，颈部处于前屈或侧屈等异常位置时，就可能影响到神经周围的空间，增加卡压风险。周围组织病变影响：周围的肌肉、筋膜等组织如果发生病变，像肌肉劳损、筋膜炎症等，可能会导致局部组织肿胀、增生，进而压迫肩胛背神经。例如长期从事重体力劳动的人，颈部和肩部肌肉频繁受力，容易出现肌肉劳损，就可能引发肩胛背神经卡压。
外伤因素
急性外伤：颈部受到急性的外力撞击，比如车祸中颈部受到猛烈的摇晃，或者运动时颈部突然受到碰撞等，都可能直接导致肩胛背神经周围的组织受损，引起神经卡压。这种急性外伤导致的卡压往往症状较为明显，可能会在受伤后短时间内就出现肩部、背部的疼痛、麻木等不适症状。慢性损伤积累：长期反复的颈部活动，像长时间低头工作、玩手机等，会使颈部肌肉处于紧张状态，逐渐积累慢性损伤。这种慢性损伤会使肩胛背神经周围的力学环境发生改变，久而久之也容易引发神经卡压。比如一些办公室职员，每天长时间低头对着电脑工作，患肩胛背神经卡压综合征的几率相对较高。
疾病因素
颈椎病：颈椎病是导致肩胛背神经卡压综合征的常见疾病之一。颈椎发生病变时，如颈椎骨质增生、椎间盘突出等，可能会压迫周围的神经组织，其中就包括肩胛背神经。据临床统计，约有一定比例的肩胛背神经卡压综合征患者同时伴有颈椎病相关的病理改变。例如颈椎间盘突出可能会突出到神经通道附近，挤压肩胛背神经，引起相应的症状。胸廓出口综合征：胸廓出口综合征也可能累及肩胛背神经。该综合征是由于胸廓出口处的神经、血管受到压迫引起的，当肩胛背神经经过胸廓出口附近时，也可能受到影响而发生卡压。胸廓出口综合征患者往往会出现肩部、上肢的疼痛、麻木等症状，其中部分患者就可能存在肩胛背神经卡压的情况。