灰指甲最好的治疗方法需综合来看，一般口服抗真菌药物结合局部用药等方式较为常用。比如口服伊曲康唑胶囊等抗真菌药，通常需要连续服用几个月，但具体疗程要根据病情而定。
口服抗真菌药物治疗
伊曲康唑： 属于广谱抗真菌药，能抑制真菌细胞膜的合成。一般采用冲击疗法，服用1周停3周为一个疗程，需根据指甲生长情况来决定疗程数，通常手指甲灰指甲需要2 - 3个疗程，脚趾甲灰指甲可能需要3 - 4个疗程。但肝功能异常者禁用。特比萘芬： 也是常用的口服抗真菌药，它可以特异性地抑制真菌角鲨烯环氧化酶，从而阻断真菌细胞膜合成过程中的重要环节。一般手指甲灰指甲服用6 - 12周，脚趾甲灰指甲服用12 - 16周。不过，有严重肝肾功能不全者要慎用。
局部外用药物治疗
阿莫罗芬搽剂： 每周使用1 - 2次，将其涂抹在病甲上，它能渗透进入甲板发挥抗真菌作用。一般需要连续使用6个月左右，对于轻度的灰指甲有一定疗效。但对阿莫罗芬过敏者不能使用。环吡酮胺乳膏： 局部涂抹在病甲周围及病甲上，每天1 - 2次。它可以改变真菌细胞膜的完整性，影响真菌的代谢过程。使用时要注意避免接触眼睛和其他黏膜。
手术拔甲治疗
适用情况： 对于单发的灰指甲，病情严重且其他治疗方法效果不佳时可以考虑。不过手术拔甲创伤较大，术后恢复需要一定时间，而且术后容易复发，现在已经较少单独使用，多与药物治疗联合应用。术后要注意保持伤口清洁，防止感染。
日常护理要点
保持足部干燥清洁： 灰指甲多由真菌感染引起，而潮湿的环境容易滋生真菌。所以要勤换袜子，选择透气性好的鞋子，每天洗完脚后要彻底擦干脚趾间。对于手指甲灰指甲，也要注意保持手部清洁干燥，避免长时间浸水。避免交叉感染： 不要与他人共用拖鞋、脚盆、指甲刀等物品，防止将真菌传染给他人，同时也避免再次被感染。在公共浴室、游泳池等场所要注意防护，尽量不赤足行走。