儿童全麻一般在规范操作下对身体短期影响较小，但多次或不规范的全麻可能存在一定潜在风险。目前大量临床研究显示，3岁以上儿童在必要的医疗操作中规范实施全麻，短期通常不会造成不可逆的严重身体危害，但需关注一些方面。
对神经系统的潜在影响
短暂认知影响：有研究发现，少数儿童在接受短时间全麻手术后，可能会出现1~2周内轻微的认知功能波动，比如注意力短暂不集中等情况，但大多会在数周内恢复正常。不过对于3岁以下的婴幼儿，由于神经系统发育尚不完善，频繁接受全麻可能存在一定不确定性风险，虽然概率较低，但需要谨慎评估。长期影响争议：目前大规模的长期随访研究表明，单次合理剂量的全麻对儿童远期的智力、记忆力等神经发育指标影响不显著，但对于有神经系统疾病家族史或本身存在神经系统发育异常高危因素的儿童，全麻后的影响还需更长期观察。
对呼吸系统的影响
术中呼吸暂抑：在全麻诱导和维持过程中，儿童可能出现短暂的呼吸频率减慢或呼吸暂停情况，不过麻醉医生会密切监测并及时处理。一般来说，规范操作下这种情况发生概率低，且能很快纠正。术后呼吸道反应：部分儿童全麻术后可能出现咽喉部不适、咳嗽等呼吸道反应，尤其是本身有呼吸道感染或过敏体质的儿童，相对更易出现。但通过术后的观察和适当护理，大多能缓解，比如保持呼吸道湿润、必要时给予止咳等对症处理。
对肝肾功能的影响
短期影响轻微：正常剂量的全麻药物在代谢过程中，主要通过肝肾进行代谢，对于肝肾功能正常的儿童，短期使用规范剂量的全麻药物，对肝肾功能的影响非常轻微，一般停药后肝肾能很快恢复正常的代谢功能。不过对于本身存在肝肾功能不全的儿童，在使用全麻时需要特别调整药物剂量，并加强对肝肾功能的监测。
心理方面的影响
短期心理应激：儿童在经历全麻手术过程后，可能会出现短期的心理应激反应，比如术后一段时间内可能会对医院环境、医疗操作产生恐惧心理。但通过术后的安抚、家长的陪伴等，大多能逐渐缓解。对于年龄稍大的儿童，可以提前进行心理疏导，帮助他们更好地适应全麻手术相关的过程。