阴茎上长水疱可能是生殖器感染或生殖器部位皮肤过敏等原因导致，需根据不同病因及病情发展程度采取相应治疗措施。
一、生殖器感染：
1.病毒感染：
生殖器疱疹：阴茎上长水疱可能是生殖器疱疹，由单纯疱疹病毒引起的性传播疾病。若疱疹未破溃且有瘙痒，可局部用炉甘石洗剂止痒；若疱疹疼痛明显，可口服镇痛药如吲哚美辛片、布洛芬缓释胶囊、加巴喷丁胶囊等，同时进行抗病毒治疗，如遵医嘱口服阿昔洛韦胶囊、泛昔洛韦胶囊、盐酸伐昔洛韦胶囊等，皮损处可用阿昔洛韦乳膏涂抹。
2.细菌感染：细菌感染也可致阴茎上长水疱，伴有疼痛、红肿等不适，一般可外用莫匹罗星软膏、红霉素软膏等。
3.霉菌感染：霉菌感染严重时会出现阴茎上长水疱，可能还有尿频、尿急、尿痛及尿道口有分泌物等情况，对于霉菌性感染，通常建议使用硝酸咪康唑乳膏或克霉唑乳膏等药物。
二、生殖器部位皮肤过敏：生殖器部位皮肤过敏可能引起阴茎上长水疱，常伴有红肿、疼痛等症状，可遵医嘱口服抗过敏药物如氯雷他定片、盐酸西替利嗪片等，局部可用激素类药膏如复方醋酸地塞米松乳膏、丁酸氢化可的松乳膏等治疗过敏性皮肤感染。
总之，阴茎上长水疱可能由多种原因引起，所以要及时就医明确病因后进行针对性治疗。日常生活中要注意清洁卫生，避免食用辛辣刺激性食物。治疗期间避免性生活，接触过的衣物、被褥、毛巾、敷料等要及时消毒，不要与健康人群共用。