苯扎氯铵是一种常见的阳离子表面活性剂，具有广谱杀菌作用。它能改变细菌细胞膜的通透性，使细菌内容物外漏，从而起到杀菌效果。
伤口消毒清洁方面
皮肤伤口消毒：对于小面积的皮肤擦伤、切割伤等，可用0.1%的苯扎氯铵溶液进行清洗，能有效杀灭伤口表面的细菌，预防感染。一般用无菌棉球蘸取适量溶液轻轻擦拭伤口周围皮肤。黏膜消毒：在眼科等领域，可用于眼结膜囊等黏膜部位的消毒，使用0.01% - 0.02%的苯扎氯铵溶液冲洗，能对黏膜表面的病菌起到抑制作用。
器械消毒方面
医疗器械消毒：一些医疗器械在使用前可用苯扎氯铵溶液浸泡消毒。比如小型的内镜等，通常将器械浸泡在浓度合适的苯扎氯铵溶液中一定时间，可杀灭器械表面的微生物。一般浸泡时间根据器械种类和污染情况等因素有所不同，通常需要浸泡10 - 30分钟左右。手术部位准备：在外科手术中，可用于手术部位皮肤的术前准备消毒，用苯扎氯铵溶液擦拭手术区域皮肤，能减少皮肤表面的细菌数量。
环境消毒方面
物体表面消毒：对于医院病房、家庭环境中的桌面、地面等物体表面消毒，可用苯扎氯铵溶液擦拭。按照一定的稀释比例配制溶液，一般稀释成合适浓度后，用干净的抹布蘸取溶液擦拭物体表面，能对表面的细菌等起到杀灭作用。比如一般可稀释成0.05%左右的浓度用于物体表面消毒。空气消毒辅助：在一些情况下，可配合空气消毒设备，通过挥发等方式辅助起到一定的空气消毒作用，减少空气中的病菌含量，但效果相对有限，主要还是以其他专业空气消毒方式为主配合使用。