不来月经但是有褐色分泌物可能由多种原因引起。比如怀孕相关情况就可能导致，像异位妊娠时，大概有20%左右的异位妊娠患者会出现阴道少量出血，表现为褐色分泌物，同时可能伴有腹痛。
一、怀孕相关因素
1. 先兆流产： 孕妇在怀孕早期，若出现褐色分泌物，可能是先兆流产的迹象。一般在怀孕前3个月较为常见，此时胚胎着床尚不稳定，受到一些不良因素影响，如孕妇过度劳累、体内激素水平异常等，就可能出现少量阴道出血，呈褐色。2. 异位妊娠： 除了上述异位妊娠时的少量出血情况，异位妊娠还可能伴有腹痛等症状，随着胚胎的发育，可能会出现破裂等严重情况，所以一旦怀疑异位妊娠需及时就医检查。
二、内分泌失调
1. 多囊卵巢综合征： 这是一种常见的内分泌疾病，患者体内激素失衡，雄激素水平偏高，常表现为月经稀发或闭经，同时可能伴有褐色分泌物。一般多见于20 - 40岁的女性，患者往往还伴有肥胖、多毛等症状。2. 甲状腺功能异常： 甲状腺功能减退或亢进都会影响内分泌系统，进而影响月经。比如甲状腺功能减退时，机体代谢减慢，可能导致月经紊乱，出现不来月经但有褐色分泌物的情况，患者还可能伴有乏力、怕冷等表现；而甲状腺功能亢进时，可能出现月经周期改变，也可能有褐色分泌物出现，同时伴有多汗、心慌等症状。
三、妇科疾病
1. 子宫内膜炎： 子宫内膜受到细菌等病原体感染引发炎症，会出现异常阴道出血，表现为褐色分泌物，同时可能伴有下腹部疼痛、白带增多等症状。各年龄段女性都可能发生，尤其是有宫腔操作史的女性更容易患病。2. 宫颈病变： 宫颈息肉、宫颈炎等宫颈病变也可能导致这种情况。例如宫颈息肉，是宫颈组织增生形成的赘生物，质地较脆，容易出血，表现为少量褐色分泌物，在性生活后可能会加重出血情况；宫颈炎时，宫颈黏膜充血，也可能出现少量阴道出血，呈褐色，同时伴有白带异常等表现。