醒来喉咙有痰可能由多种原因引起。比如上呼吸道感染就比较常见，一般70%~80%的上呼吸道感染是由病毒引起的，像鼻病毒、冠状病毒等感染后，会导致呼吸道黏膜分泌增多，从而出现喉咙有痰的情况。
一、上呼吸道感染导致
病毒感染为主： 多数上呼吸道感染是病毒引发，像常见的鼻病毒、冠状病毒等入侵人体后，会使呼吸道黏膜充血、水肿，腺体分泌增加，从而产生较多痰液。一般病程大概1周左右，但具体恢复时间因个体差异不同。细菌感染也可能： 少数情况下是细菌感染引起，比如A族乙型溶血性链球菌感染，也会让喉咙产生较多痰液，可能还会伴有喉咙疼痛、发热等症状。
二、慢性咽炎引发
长期刺激因素： 长期吸烟的人，烟雾中的有害物质长期刺激咽喉部，容易引发慢性咽炎，出现醒来喉咙有痰的情况，有的患者每天清晨起来可能都会感觉喉咙有痰，需要清嗓子。环境因素影响： 长期处于空气污染严重的环境中，或者工作环境中有较多粉尘等，也会刺激咽喉，导致慢性咽炎，出现喉咙有痰的现象。
三、鼻窦炎分泌物倒流导致
鼻窦炎情况： 患有鼻窦炎时，鼻窦内会产生较多脓性分泌物，这些分泌物会倒流至咽喉部，从而让人醒来感觉喉咙有痰。一般鼻窦炎患者除了喉咙有痰外，还可能有鼻塞、流涕、头痛等症状，而且病程相对较长，如果急性鼻窦炎没有及时治愈，容易转为慢性鼻窦炎。儿童鼻窦炎特点： 儿童鼻窦炎相对常见，由于儿童鼻窦解剖结构特点，更容易发生炎症，分泌物倒流导致喉咙有痰的情况也不少见，需要引起重视。
四、胃食管反流刺激
反流机制： 当出现胃食管反流时，胃酸和胃内容物会反流至咽喉部，刺激咽喉黏膜，导致分泌物增多，醒来就会感觉喉咙有痰。尤其是晚上平卧时，反流更容易发生。肥胖人群风险： 肥胖的人发生胃食管反流的几率相对较高，因为腹部脂肪多会增加腹压，更容易导致胃酸反流至咽喉，进而出现喉咙有痰的情况。