治疗植物神经紊乱并没有绝对的“最好”药物，而是需根据不同症状选择相应药物。一般来说，调节植物神经功能的药物有谷维素等，它能调整自主神经功能，通常可连续服用数周。
调节神经递质类药物
5-羟色胺再摄取抑制剂： 像帕罗西汀，可调节脑内5 - 羟色胺的水平，对植物神经紊乱伴有抑郁、焦虑情绪的患者有一定作用，但可能会有恶心、嗜睡等不良反应，需在医生指导下使用。三环类抗抑郁药： 如多塞平，能改善情绪问题，不过可能引起口干、视力模糊等副作用，老年患者使用时要特别注意。
对症治疗药物
调节胃肠功能药物： 若植物神经紊乱导致胃肠不适，出现腹胀、腹痛等症状，可使用多潘立酮，它能促进胃肠蠕动，一般服用后短时间内可缓解腹胀等症状，但要注意不能长期大量滥用。调节心血管功能药物： 当植物神经紊乱引起心悸等心血管症状时，可用普萘洛尔，它能减慢心率，减轻心悸症状，但哮喘患者禁用。
维生素类药物
维生素B族： 维生素B1、维生素B6等对维持神经组织的正常功能有重要作用。比如维生素B1，人体缺乏时可能影响神经功能，适当补充维生素B族有助于神经的修复和功能调节，一般可长期小剂量服用，但具体用量需遵医嘱。植物神经紊乱的治疗不能仅依赖药物，还需结合生活方式调整，比如保持规律作息，每天保证7 - 8小时的充足睡眠；进行适度运动，如散步、瑜伽等，每周至少进行3 - 5次，每次30分钟左右；保持良好心态，避免长期处于紧张、焦虑状态等。而且不同患者病情不同，药物的选择和使用需由医生根据个体情况综合判断，患者不要自行随意用药。