牙齿最里面疼可能由多种原因引起，比如智齿冠周炎，这种情况较为常见，约占牙齿最里面疼痛原因的30%左右。
智齿冠周炎导致的疼痛
智齿萌出不全： 智齿是口腔中最后萌出的牙齿，很多人智齿萌出空间不足，部分牙体被牙龈覆盖，形成一个较深的盲袋，食物残渣容易嵌塞在盲袋内，进而引发炎症，导致牙齿最里面疼痛。一般在智齿萌出过程中容易出现这种情况，尤其是18 - 25岁的人群高发。细菌感染： 盲袋内的食物残渣为细菌滋生提供了良好环境，细菌大量繁殖后会引起冠周组织的炎症反应，出现牙龈红肿、疼痛，严重时还可能伴有张口受限等症状。
龋齿引发的疼痛
龋坏发展到深层： 如果牙齿最里面的牙齿发生龋齿，且龋坏没有及时治疗，继续向深层发展，累及牙髓时就会引起疼痛。当龋洞接近牙髓腔时，吃冷热酸甜食物会刺激牙髓，引起疼痛，若龋坏进一步发展到牙髓，就会出现自发痛、夜间痛等症状。邻面龋不易发现： 牙齿最里面的邻面龋不容易被察觉，早期可能只是牙齿表面有小黑点，但随着龋坏的进展，也会导致牙齿最里面出现疼痛不适，尤其是进食时食物嵌入龋洞会引发疼痛。
牙髓炎造成的疼痛
感染波及牙髓： 除了龋齿，牙周炎等也可能导致细菌感染波及牙髓，引发牙髓炎。牙髓炎会导致牙髓组织充血、水肿，髓腔压力增大，从而引起剧烈疼痛，疼痛往往比较尖锐，且疼痛位置不太容易确定，常表现为牙齿最里面的深部疼痛。慢性牙髓炎急性发作： 慢性牙髓炎在某些诱因下会急性发作，比如身体抵抗力下降时，原本缓慢进展的炎症会突然加重，导致牙齿最里面疼痛明显加剧，疼痛性质也会变得更为剧烈。
根尖周炎引起的疼痛
牙髓感染扩散： 牙髓炎症没有得到控制，感染会扩散到根尖周组织，引起根尖周炎。根尖周炎时，牙齿会有浮出感，咀嚼时疼痛明显，牙齿最里面会出现持续的疼痛，按压牙齿时疼痛会加重。细菌感染根尖周： 细菌在根尖周组织引起炎症反应，导致根尖周组织红肿、渗出，进而引起疼痛，严重时还可能伴有面部肿胀等症状。