免疫系统疾病种类繁多，常见的包括自身免疫性疾病、超敏反应性疾病等。比如自身免疫性疾病中，类风湿关节炎是较为常见的一种，据统计，全球约1%的人口患有类风湿关节炎。
自身免疫性疾病
类风湿关节炎：主要侵犯关节，导致关节肿胀、疼痛、畸形等。患者通常会有关节晨僵现象，持续时间往往超过30分钟。系统性红斑狼疮：可累及多个系统和脏器，表现多样，如面部红斑、口腔溃疡、脱发等，多见于育龄女性。
超敏反应性疾病
Ⅰ型超敏反应相关疾病：常见的有支气管哮喘，接触过敏原后，会出现喘息、气急、胸闷等症状。还有食物过敏，比如对海鲜、牛奶等过敏，可能出现皮肤瘙痒、皮疹、呕吐等表现。Ⅱ型超敏反应相关疾病：如自身免疫性溶血性贫血，机体免疫系统错误地攻击自身红细胞，导致贫血、黄疸等。
免疫缺陷病
原发性免疫缺陷病：比如重症联合免疫缺陷病，患者从婴儿期就容易反复发生严重感染，如肺炎、败血症等，生活难以自理。继发性免疫缺陷病：多由其他因素引起，像艾滋病就是由人类免疫缺陷病毒（HIV）感染导致，HIV破坏人体免疫系统，使患者易患各种机会性感染和肿瘤。