停胎的原因较为复杂，大约50% - 60%的停胎与胚胎染色体异常有关。
染色体因素：
胚胎自身染色体问题： 胚胎在发育过程中，染色体发生数目或结构的异常，这是导致停胎很常见的原因。比如常染色体三体、性染色体异常等情况，都会影响胚胎的正常发育，从而引发停胎。父母染色体异常遗传： 如果父母一方或双方存在染色体结构或数目异常，有可能遗传给胚胎，进而增加停胎的风险。例如平衡易位的携带者，他们孕育的胚胎发生染色体异常的概率相对较高。
母体因素：
内分泌失调： 女性体内的激素水平对胚胎发育至关重要。像黄体功能不全，会导致孕激素分泌不足，无法为胚胎着床和发育提供良好的内分泌环境，容易引起停胎。甲状腺功能异常也会有影响，甲状腺功能减退时，甲状腺激素分泌不足，会影响胚胎的生长发育；甲状腺功能亢进时，过高的甲状腺激素水平也可能干扰胚胎正常发育。全身性疾病： 孕妇患有某些全身性疾病，如严重的糖尿病未控制好，高血糖环境会影响胚胎的代谢；高血压患者血压控制不佳时，会导致胎盘供血不足，影响胚胎的营养供应，从而增加停胎的可能性；感染某些病毒，如风疹病毒、巨细胞病毒等，也可能通过胎盘影响胚胎，引发停胎。
子宫因素：
子宫解剖结构异常： 子宫畸形，比如单角子宫、双角子宫等，会影响子宫的宫腔形态，使胚胎着床和发育的空间受限；子宫肌瘤，尤其是黏膜下子宫肌瘤，会改变宫腔内环境，阻碍胚胎着床和生长；宫腔粘连也会影响胚胎着床，导致停胎发生。子宫内膜因素： 子宫内膜厚度不合适，过薄或过厚都不利于胚胎着床。子宫内膜炎会影响子宫内膜的容受性，使得胚胎难以着床或着床后不稳定，增加停胎风险。
免疫因素：
自身免疫异常： 孕妇自身存在免疫抗体，如抗磷脂抗体综合征，体内的抗磷脂抗体可引起胎盘血管血栓形成，影响胎盘血供，导致胚胎缺血缺氧，最终停胎。同种免疫异常： 母体对胚胎的免疫耐受不足，母体免疫系统将胚胎识别为外来物进行攻击，从而引发停胎。例如自然杀伤细胞活性过高等情况，会对胚胎造成损害。