孕39周羊水变少的原因可能包括母体水分不足、胎盘功能减退、胎儿结构异常等。具体如下：
一、母体水分不足：在孕39周时若发现羊水量明显减少，必须高度重视并及时就医。此时可增加饮水量，因为部分孕妇羊水减少是由于自身水分补充不够，通过增加水分摄入，有可能使羊水循环量显著增加。
二、胎盘功能减退：
1.过期妊娠、胎盘感染等情况都可能引发胎盘功能减退。这样会导致胎儿全身血液优先供应脑和心脏，进而使肾脏血流量减少，胎儿尿液生成随之减少，最终造成羊水变少。
2.针对这种情况，可以遵医嘱使用低分子肝素、低分子右旋糖酐等药物来缓解症状。
三、胎儿结构异常：主要表现为胎儿泌尿系统发育异常，如胎儿肾缺如、输尿管梗阻、膀胱外翻等，这些异常状况均可能致使少尿或无尿，从而引起羊水减少。此时应及时进行羊水染色体检查，并按照医嘱进行对症治疗。
除上述情况外，还可能有羊膜病变、波特综合征等其他因素导致，一旦发现羊水减少，建议及时就医，在医生指导下进行针对性治疗。