拔完智齿后咽口水时疼痛的原因包括：
一、伤口感染：拔完智齿后，若口腔卫生不佳，容易引发伤口感染，进而导致咽口水疼痛。口腔内存在着大量细菌，当拔牙创口未得到良好护理时，细菌就可能在创口处滋生、繁殖，引起炎症反应，表现为创口红肿、疼痛，吞咽时疼痛加剧。
二、肿胀：拔牙后周围组织常常会出现肿胀现象，这可能对咽部形成压迫，从而引起咽口水疼痛。拔牙手术本身会对局部组织造成一定程度的损伤，身体会启动自我保护机制，引发炎症反应以促进组织修复，这就导致了组织肿胀。肿胀的组织可能会波及到咽部，导致咽部空间变小，吞咽时会感觉疼痛。
三、牙齿碎片：在拔智齿的过程中，可能会有牙齿碎片遗留于口腔内，这些碎片可能刺激咽部，造成咽口水疼痛。如果拔牙时操作不够精细，或者智齿本身结构复杂，就有可能出现牙齿碎片残留的情况，这些碎片可能会移动到咽部附近，刺激咽部黏膜。
四、神经损伤：拔智齿时，有可能损伤到下颌神经，致使咽部和下巴出现疼痛。智齿的位置与下颌神经较为接近，在拔牙过程中可能会意外损伤到神经，神经损伤后会引发一系列的疼痛症状。
五、药物副作用：拔完智齿后可能会服用止痛药和抗生素等药物，这些药物也可能导致咽口水疼痛。某些药物可能会对咽部黏膜或胃肠道产生一定的刺激，引起不适或疼痛。
如果拔完智齿后咽口水疼痛持续较长时间或疼痛较为剧烈，务必及时咨询医生，以便准确诊断和妥善治疗。