牙周炎的药物治疗主要包括局部用药和全身用药。局部用药常用的有米诺环素凝胶，它可以直接作用于牙周袋内，抑制细菌生长，一般每周使用1次即可。全身用药多在病情较严重时使用，比如甲硝唑，它对厌氧菌有较好的抑制作用，但孕妇及哺乳期女性禁用。
局部药物治疗
牙周袋内局部上药： 像碘甘油就是常见的用于牙周袋内的药物，它有杀菌、收敛的作用，能减轻牙周袋的炎症。使用时需要由医生将碘甘油缓慢挤入牙周袋内，一般每周可以使用1 - 2次。含漱剂： 氯己定含漱液是常用的含漱剂，它能有效抑制菌斑形成，减少口腔内的细菌数量。每天使用2 - 3次，每次含漱10 - 30秒，连续使用1 - 2周。不过长期使用氯己定含漱液可能会使牙齿和舌面着色，所以使用后要注意清洁。
全身药物治疗
抗生素类药物： 除了甲硝唑，阿莫西林也可用于牙周炎的全身治疗，它能抑制多种细菌的生长繁殖。但对青霉素过敏的患者不能使用阿莫西林。一般来说，抗生素的使用需要根据病情由医生判断是否开具，使用疗程通常在7 - 10天左右。非甾体抗炎药： 布洛芬属于非甾体抗炎药，它可以缓解牙周炎引起的疼痛和肿胀。不过布洛芬对胃肠道有一定刺激，有胃溃疡病史的患者要慎用，一般建议在饭后服用。
药物治疗的注意事项
特殊人群： 儿童使用牙周炎药物要特别谨慎，比如儿童使用含漱剂时容易误吞，所以尽量选择儿童专用且安全性高的药物。老年人使用全身药物时要关注药物对肝肾功能的影响，因为老年人肝肾功能可能有所减退，使用前最好告知医生自己的肝肾功能情况。药物相互作用： 使用多种药物时要注意药物相互作用。例如同时使用抗凝药和甲硝唑时，可能会增加出血的风险，所以如果正在服用其他药物，一定要告知医生，由医生评估是否可以同时使用治疗牙周炎的药物。